La Villa de Guaqui se distingue par ses impressionnantes voûtes en pierre de taille et dispose de trois patios qui servent d’espaces de lumière et de ventilation, comme dans de nombreuses autres villas coloniales, et qui sont essentiels à la fraîcheur et à l’éclairage naturel de l’intérieur. Les plafonds voûtés qui atteignent des hauteurs de cinq à six mètres sont une merveille architecturale qui reflète la grandeur et la solidité des constructions de l’époque.
L'histoire de cette villa remonte au XIXéme siècle, lorsque la couronne espagnole créa le titre de Comte de Guaqui pour une famille créole d’Arequipa de souche navarraise. Cette famille, propriétaire de plusieurs haciendas et impliquée dans le commerce et l'exploitation minière, occupait de hauts postes politiques et militaires. Le titre de Comte de Guaqui fut attribué pour la première fois au général José Manuel de Goyeneche, après sa victoire à la bataille de Guaqui (ou du Desaguadero), accordé par le roi Ferdinand VII le 14 mai 1817, selon le décret royal d'octroi et les documents ecclésiastiques.